דגש רב מושם על חינוך הילדים בעומר. מערכת החינוך מספקת שירותים לכל הגילאים, החל בגיל הרך ועד סיום בית הספר התיכון. ילדי עומר מגיעים להישגים גבוהים, הבאים לידי ביטוי בשיעור הגבוה של הזכאים לתעודת בגרות – יותר מ-90 אחוזים מבוגרי י”ב. זהו שיעור גבוה בהרבה מהממוצע הכלל ארצי.
הסיבות לכך רבות. בראשן המעורבות הישירה של המועצה המקומית במערכת החינוך, תוך תמיכה במסגרות של לימודי העשרה והוספת שעות לימוד מעבר לתקן, וכן המעורבות הגדולה של ההורים בחינוך ילדיהם, המתבטאת בין היתר בנציגות פעילה שלהם בבית הספר. כיתות הלימוד הן קטנות – 25 תלמידים בממוצע בכיתה – וכל תלמיד מקבל את מלוא תשומת הלב וההבנה. כל הכיתות מרווחות, ממוזגות וממוחשבות.
